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Un minuscule organisme, invisible, contagieux qui ébranle en quelques semaines le château de cartes de notre société humaine : mais qui es-tu petit virus ? Et d’où viens-tu?

Il faut d’abord séparer le nom du virus de celui de la maladie qu’il entraîne, comme par exemple, le virus H1N1, qui entraîne la maladie grippe et sa pandémie grippale. Ce nouveau virus SRS-CoV-2 entraîne la maladie COVID-19. Baptisé 2019- nCoV, puis SRS-CoV-2, il fait partie de la famille des coronavirus, hébergés chez les chauves-souris, ses hôtes naturels. Plusieurs virus de ce type corona (nom latin dû à leur forme en couronne bien visible sur toutes les représentations médiatiques) ont pu être transmis de l’animal à l’homme (zoonoses) souvent par un autre animal intermédiaire, animal domestique, chien, volaille ou chameau. Certains travaux indiquent le pangolin comme vecteur du SRS-Cov2. Le SARS CoV-1, d’origine asiatique a donné une première épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère (SRS) de 2002 à 2004, touchant 29 pays avec près de 800 morts. Ensuite le MERS–CoV (2012) autre virus équivalent a donné une deuxième épidémie au Moyen Orient avec quelques milliers de cas. Une résurgence s’est produite en 2015 et 2018, notamment en Corée.

Comment ce virus est-il arrivé à l’homme ?

En première hypothèse, la COVID-19 serait donc d’origine alimentaire, lié à la consommation de viande animale non cuite de l’hôte intermédiaire, au marché de Wuhan par exemple. À l’heure où nous écrivons cet article, il semblerait qu’à cette hypothèse classique pourrait se substituer une autre hypothèse qui mettrait en jeu l’un des joyaux de notre expérience française de la virologie : Wuhan possède en effet le laboratoire de recherche virologique de référence en Chine, P4, capable d’étudier en sécurité les virus les plus dangereux – classe 4 de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) – construit en partenariat avec la France et l’Institut Pasteur, et dont l’objet serait la recherche sur les virus de zoonose les plus dangereux, dont ce même coronavirus étudié à partir de chauve-souris de grottes de la région.

La transmission de ce virus à l’homme et sa contagiosité font qu’il a pu rapidement s’étendre et atteindre le stade 3 défini par l’OMS : la pandémie mondiale.

Mais nous saurons certainement tout par Monsieur Levy, qui a inauguré en personne à Wuhan, le somptueux établissement le 23 février 2017, en tant que Président Directeur Général de l’INSERM. Une donnée épidémiologique essentielle : aucune personne sur notre planète n’était immunisée contre ce nouveau virus et potentiellement, ce dernier peut donc atteindre chaque être humain. La transmission de ce virus à l’homme et sa contagiosité font qu’il a pu rapidement s’étendre et atteindre le stade 3 défini par l’OMS : la pandémie mondiale, ce que n’avaient pas fait les deux autres coronavirus antérieurs.

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Comment ce virus agit-il ?

Là encore bien des surprises nous attendent : on s’attendait à un modèle classique de virus ARN SRS-CoV avec une pénétration par les muqueuses aériennes, les yeux, et un tropisme broncho-pulmonaire. Or, il s’avère que la charge virale importante (quantité de virus présente dans l’organisme) au début des symptômes peut diminuer considérablement, voire disparaitre quand la phase aiguë arrive, notamment chez des patients en syndrome respiratoire de détresse, nécessitant l’intubation et la mise sous respiration artificielle. Le virus serait peu dangereux seul, mais pourrait s’acoquiner avec une ou des bactéries qui provoqueraient cet orage inflammatoire gravissime dans les poumons. Selon une hypothèse, il s’agirait de la double action du virus avec une bactérie qui rendrait l’affection COVID-19 particulièrement dangereuse : ces bactéries engendreraient un choc inflammatoire aigu, avec des conséquences cliniques. Des virologues et des articles très récents mettent en avant cette hypothèse qui apporterait de nombreuses réponses aux questions initiales sur l’activité de certains médicaments et la raison des risques pour certaines populations. Ces bactéries pourraient être des « mycoplasmes pulmonaires », voire une Prevotella d’origine digestive, qui ont en commun d’être toutes sensibles aux anti- biotiques de la famille des macrolides. Les obèses ayant plus de bactéries Prevotella sont particulièrement représentés dans la population à risque, et les enfants qui en seraient dépourvus ne sont pratiquement pas touchés par ces symptômes aigus.

Quels traitements ?

Dans la situation de confinement imposé, l’expérience des patients se révèle ni plus ni moins qu’un jeu de roulette russe qui peut se solder pour les malchanceux par l’hospitalisation en médecine dans 20 % des cas, et pour 5% de l’échantillon par une complication, direction la réanimation. Nous ne reviendrons pas sur la polémique lamentable autour du protocole proposé par l’équipe de l’IHU de Marseille, non plus que sur les tentatives de bâillonnement de nombreuses initiatives de cabinets de médecine générale à la recherche de solutions avec « les moyens du bord » à la lueur de leur expérience et de leurs partages entre confrères. Les vaccins sont-ils la solution ?

Notre petit virus n’est finalement pas si dangereux comme le montrent les données américaines de la fin du mois d’avril.

Dans le cas présent, ils ne sont pas là. Mais seront-ils au rendez-vous plus tard ? Rien n’est moins sûr, disent les plus impertinents, car notre petit virus n’est finalement pas si dangereux comme le montrent les données américaines de la fin du mois d’avril. Nul ne peut prédire quelle sera l’évolution de la pandémie avec le temps, les saisons, les latitudes, le taux d’immunisation de la population, ou la durée de l’immunité. Faudra-t-il vacciner une partie de la population la plus fragile, ou toute la population ? Quel sera le délai de fabrication du vaccin ? Va-t-on l’imposer à des pays en voie de développement dont certains ont déjà un impératif de soutien alimentaire, de vaccinations en cours pour les maladies comme la polio, la rougeole ?

Ces pays à population très jeune risquent cependant d’être peu touchés par cette pandémie. Les anti-viraux sont testés dans de nombreux essais cliniques à travers le monde et semblent ne pas donner à ce jour de résultats probants, à l’inverse de certains antibiotiques de familles spécifiques déjà cités. Nous sommes entrés dans une farouche controverse dont la France a le secret, sauf que beaucoup de patients meurent sans que l’on ait pu leur donner une chance supplémentaire. Dans ce pugilat presque indigne, qui n’a pas la pudeur et le faste des disputatio scientifiques qui étaient menées au sein des Académies ou dans les atmosphères feutrées des sociétés scientifiques, qui a raison, qui a tort ? Un argument s’élève du côté des médecins, qui, par tâtonnement, sécurisent des protocoles et prennent en charge des patients, dans une situation de crise sanitaire et d’urgence, conscients du risque possible de l’échec. Ils font usage de médicaments ayant obtenu des autorisations de mise sur le marché, disposant, selon la connaissance médicale de faisceaux d’indications supplémentaires, dans le but de répondre au besoin médical urgent de leurs patients.

Il ne faut pas oublier que la médecine est une science expérimentale progressant par tâtonnements depuis plus de 3000 ans. Actuellement ces tâtonnements, selon de nombreuses sources, de plus en plus convergentes, font ressortir que l’usage des macrolides, voire l’association d’antibiotiques, semble éviter de nombreuses hospitalisations, quand la prescription est effectuée suffisamment tôt. Seules ces observations de vie réelle peuvent constituer la base et les hypothèses d’une future étude qui viendrait démontrer l’intuition par les preuves.

Il ne faut pas oublier que la médecine est une science expérimentale progressant par tâtonnements depuis plus de 3000 ans.

Pour l’instant, les jours comptent pour les malades. De l’autre côté, la communauté des chercheurs et des experts veut prédire, imaginer, innover, mais le fruit de leur réflexion ne saurait arriver avant au moins 6 mois, quand ils disposeront d’un médicament candidat, avec des éléments cliniques et un dossier d’enregistrement constitué. Comme mécanisme d’urgence, avec tout le respect que nous leur devons, on a fait mieux. En résumé, se trouvent d’un côté le pragmatisme et l’humilité des médecins dont le cadre est défini par la pharmacopée ; de l’autre, le pari de la perfection de cette société devenue trop matérialiste qui ne veut plus affronter la vie réelle simple et parfois tragique. Laissons à ces deux approches qui doivent rester complémentaires le soin de se réconcilier.

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La médecine générale et hospitalière, dans son approche empirique au pied du lit des malades, reste sans conteste la courroie majeure du système sanitaire en France. Cette médecine ne fait pas d’essais cliniques, elle procède par intuition, elle consolide des observations, elle ne fabrique pas de vaccins, mais elle assure avec son approche empirique et son écoute une solution unique de médecine humaniste adaptée à chaque patient.  

Mathys de La Fontaine

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