Une poignée de jours après le 11 septembre, Oussama Ben Laden est identifié comme le suspect principal des attaques. L’homme vit en Afghanistan, pays contrôlé depuis 1996 par le groupe fondamentaliste des Talibans, dont il est proche. Avant le World Trade Center, le régime taliban est déjà considéré comme un « État voyou » par la communauté internationale pour être un soutien notoire du terrorisme islamiste international. Après, son existence devient une menace intolérable pour l’Amérique. Quand George W. Bush fait connaître son intention de déloger les Talibans du pouvoir, qui refusent d’extrader Ben Laden, il est soutenu par la quasi-totalité des États occidentaux. L’opération militaire se fait donc sous l’égide de l’OTAN, avec l’aval de l’ONU.
Dès le 7 octobre, les premiers bombardements frappent les points stratégiques de la défense talibane. Pour le combat au sol, les Américains s’appuient sur les combattants locaux de l’Alliance du Nord, coalition de moudjahidines hostiles au régime de Kaboul présents dans la partie septentrionale du pays. Des armes leur sont livrées et des membres des forces spéciales sont chargés de les former et les encadrer. Grâce à cela, l’Alliance du Nord reprend rapidement le contrôle du territoire afghan. Début décembre, elle maîtrise l’essentiel du territoire du pays. Le seul point noir est l’évasion de Ben Laden au Pakistan lors de la bataille de Tora Bora.
Jusqu’en 2005, alors que les forces de l’OTAN sont présentes massivement dans le pays, les Talibans survivants se terrent dans des régions montagneuses particulièrement isolées. À partir de l’année suivante, le climat change. Les Talibans consolident leur position au Pakistan, base arrière d’où ils peuvent s’organiser et lancer des raids. Ensuite, ils empruntent les techniques des djihadistes irakiens, comme l’attentat suicide ou à la voiture piégée. Enfin les Américains doivent détourner beaucoup de ressources militaires de l’Afghanistan, justement pour la guerre d’Irak. Les revers cruels se multiplient pour la coalition, on se souvient par exemple pour la France de l’embuscade d’Uzbin, où dix parachutistes du 8e RPIMa ont trouvé la mort en août 2008.
De nombreuses bases doivent être évacuées, si bien que des provinces entières se retrouvent livrées aux Talibans à partir de 2009. En 2010, on commence à parler ouvertement de négociations avec les Talibans à la Maison Blanche. En 2011, l’OTAN se retire du pays, sous le poids des opinions publiques occidentales qui ne comprennent plus pourquoi ses jeunes hommes meurent dans une guerre lointaine, et ne demeurent que des soldats américains sur place. Ils resteront encore dix ans sans aucun résultat, avant que leur départ décidé par Joe Biden à l’été 2021 ne permette aux Talibans de remettre la main sur l’ensemble du pays.
