Les débats autour du port du burkini rendent très manifestes les dissensions au sein d’EELV. En août 2016, Cécile Duflot souhaitait que l’on abandonne la polémique sur le burkini : « Franchement, c’est exactement ça que je refuse. Je refuse que le débat politique soit pollué, pollué, je dis bien pollué par un sujet ultra marginal ». Et d’expliquer ensuite : « Il faut arrêter, je dis bien arrêter en permanence de taper sur la tête des musulmans de ce pays ». Selon elle, il y a un problème religieux que l’État devrait clore : « Qu’on nous foute la paix, globalement, un peu, avec la religion. Qu’on respecte la foi des uns et des autres ».

Ce positionnement ne semble pas être partagé par Yannick Jadot qui assure que « le burkini n’a rien à faire dans une piscine ». Il a, en affirmant cela, « braqué contre lui plusieurs cadres et militants de son propre parti, Europe Ecologie-les Verts (EELV) », selon L’Obs en septembre 2020. Yannick Jadot précise à ce propos que : « L’enjeu, c’est le vivre-ensemble ». Selon lui, la laïcité exige l’abandon de signes tels que le burkini. Jadot poursuit : « Mon seul sujet, ma seule ambition, c’est qu’on ait un projet partagé dans notre pays, qu’on ait la liberté de se choisir un dieu. Les groupes religieux qui veulent s’emparer de la politique, je les combats partout ».Jadot souhaite ainsi préciser ses positions : la question n’est pas le burkini en tant que vêtement, mais en tant que signe religieux à caractère politique.

Des propos qui ont déplu à la féministe Caroline de Haas qui a demandé, hors d’elle : « Le mec a vraiment ressorti le burkini ? » Elle demande aux militants d’EELV de « le sortir ». Pour Éric Piolle, maire de Grenoble, le burkini est un « progrès social ». Il n’y voit donc pas d’inconvénient comme le fait que les femmes puissent « se baigner les seins nus » car, dit-il, de toute façon « le burkini n’est rien d’autre qu’un bout de tissu ». Mais peut-être la civilisation est-elle née d’un bout de tissu. [...]